Война нарушила нормальную жизнь, поломала судьбы нескольких поколений. Хотя Уфа оставалась глубоким тылом, а город ни разу не бомбили, военные трудности обернулись для большинства горожан голодной, полунищенской жизнью.
В предвоенный 1940 год население Уфы составляло 270 тысяч человек, мужчин и женщин было почти поровну. В военные годы в эвакуацию в Уфу прибыли более 100 тысяч. Семьям эвакуированных предоставлялись общежития вузов и техникумов, клубы и другие общественные здания, кроме того, уфимцы размещали их у себя на квартирах.
В 1941–1942 гг. в Башкирию из западных регионов страны были частично или полностью перебазированы около 100 крупных и средних предприятий, 40 из которых было размещено в Уфе. Некоторые из них работали как самостоятельные, но многие были объединены с родственными предприятиями.
В Уфу были переведены многие государственные, общественные, научные и культурные учреждения.
В октябре 1941 г. в Уфу был эвакуирован Исполнительный комитет Коммунистического интернационала – Коминтерн, который до 1943 года размещался в здании бывшего Коммерческого училища на углу улиц Ленина и Революционной.
В здании Главпочтамта на улице Ленина размещалась радиостанция Коминтерна, откуда велись антифашистские передачи на европейских и восточных языках. В районе села Кушнаренково располагалась секретная школа Коминтерна, где готовили разведчиков, радистов, диверсантов различных национальностей для заброски в страны Европы, Азии, Америки.
С началом войны почти все городские предприятия стали работать для нужд фронта. Уфимская нефтепереработка наладила производство топлива для самолетов, моторного масла для танков. Хлопчатобумажный комбинат стал выпускать ткани для военного обмундирования, которое шили на швейной фабрике имени 8 Марта и в многочисленных швейных артелях, состоящих из женщин и девочек-подростков. Уфимский паровозоремонтный завод перешел на обслуживание локомотивов и выпуск боеприпасов, на нем для фронта уфимцы построили бронепоезда «Уфа», «Александр Невский», «Полководец Суворов», «Салават Юлаев».
В начале войны в Уфе были открыты Уфимский авиационный институт имени Серго Орджоникидзе, крупные производства – кабельный завод, хлопчатобумажный комбинат и чаеразвесочная фабрика.
В 1942 г. из 63 уфимских школ 56 были использованы под военные нужды. Занятия проводились в три-четыре смены по сокращенному учебному плану. Школьники были частыми посетителями госпиталей – дежурили, давали концерты, кололи дрова, выполняли любую необходимую работу. Летом они работали в колхозах и на лесозаготовках.
За годы войны в Уфе были сформированы три дивизии, из них две стрелковые и одна кавалерийская – знаменитая 112-я Башкирская кавалерийская дивизия, преобразованная в феврале 1943 г. в 16-ю гвардейскую. Ее ратные подвиги отмечены орденами Ленина, Красного Знамени, Суворова и Кутузова II степени. 76 воинам присвоено звание Героя Советского Союза. В Уфе в парке Победы воздвигнут памятник Героям Советского Союза А. Матросову и М. Губайдуллину, закрывшим собой амбразуры вражеских огневых точек. Здесь же с воинскими почестями похоронен один из прославленных асов, летчик-штурмовик, дважды Герой Советского Союза Муса Гареев.
В июле 1941 г. в Уфе организуются первые госпитали. Уже через год их становится 20, в них лечатся около 11 тысяч раненых. Приметой войны стали пленные на улицах города, которые работали на городских стройках и в пригороде на полях.
С открытием новых предприятий оживилась промышленная и экономическая жизнь города, с появлением художественной интеллигенции из других областей страны обозначился новый уровень городской культуры. Несмотря на трагизм исторических обстоятельств, нехватку тепла и хлеба, нищету и скученность, город в эти годы активно развивался.